Das Drehbuch zum Film basiert auf dem Roman „Chinmoku“ (Schweigen) des japanischen Schriftstellers Endō Shūsaku. Seine Bücher sind stark von seinem römisch-katholischen Glauben geprägt.

Gezeigt wird die Geschichte von zwei Jesuitenpriestern aus dem 17. Jahrhundert, die von Portugal nach Japan reisen um dort nach ihrem Mentor und Missionar, dem katholischen Priester Cristóvão Ferreira (c.1580-1650) zu suchen, nachdem dieser in Japan seinen christlichen Glauben abgelegt hatte. Portugiesischer Katholizismus traf auf japanischen Buddhismus.

Cristóvão Ferreira wurde circa 1580 in Torres Vedras, Portugal, geboren. Man schickte ihn als Missionar nach Asien, wo er von 1609 bis 1633 als Pater den christlichen Glauben näher bringen sollte. Zudem setzte er sich gegen die Unterdrückung durch die feudale Militärregierung Tokugawa shogunate ein. Diese Militärregierung gab es von 1600 bis 1868.

Im Jahr 1633 wurde Cristóvão Ferreira gefangen genommen. Er sollte sich vom Christentum lossagen, nachdem man ihn über mehrere Stunden folterte. Er fügte sich, änderte seinen Namen in Sawano Chūan und lebte fortan als Buddhist. Kurz darauf heiratet er eine japanische Frau und schrieb mehrere Bücher. Cristóvão Ferreira verstarb 1650 im Alter von 70 Jahren in Nagasaki.

Man war auf der Suche nach ihm und erlebte die dortige Christenverfolgung am eigenen Leib. Es galt nach Berichten zu suchen warum sich der Pater vom Christentum abgewandt hatte. Einer dieser Priester war der italienische Missionar Giuseppe di Chiara (1602-1685). Auch er wurde gefangen genommen und gefoltert. Somit wurde auch er zum Abtrünnigen und sagte sich vom Christentum los. Er heiratete ebenfalls eine japanische Frau, änderte seinen Namen und blieb in Japan bis zu seinem Tod 1685.

Der japanische Feldherr und Politiker Toyotomi Hideyoshi (1537-1598), dem damaligen Herrscher, war gegenüber den religiösen Strömungen relativ offen. Die Jesuiten waren für die Japaner als Übersetzer unentbehrlich. Missionare waren im 17. Jahrhundert weit verbreitet. In Japan kam es vom 17. Dezember 1637 bis zum 15. April 1638 zu einem Aufstand, zur Shimbara Rebellion. Menschen, weitgehend Bauern, die meisten von ihnen katholische Christen, wehrten sich gegen die zu hohen Abgaben von Steuern. Zorn und Unzufriedenheit hatten die Bauern auf die Barrikaden gebracht. Außerdem gab es eine Hungersnot und sie rebellierten gegen ihre Regierung.

Die Militärregierung entsandte Truppen von 125.000 Mann um diesen Aufstand niederzuschlagen. Ein Verbot des Christentums wurde strikt durchgesetzt. Somit begann auch die Christenverfolgung, diese bis ins Jahr 1850 andauerte. Zehntausende von japanischen Christen wurden hingerichtet, gefoltert oder verfolgt. In einem kleinen Dorf wurden binnen Minuten mindestens 70 Dorfbewohner enthauptet. Sie waren zum Christentum konvertiert und dies wurde als Verbrechen angesehen. Zum Christentum zu konvertieren würde den sicheren Tod bedeuten.